柯南一行人应邀请参加海上自卫队宙斯盾舰“穗高号”的体验航海。在一场假想战斗演习中,舰内突然发现了一名海上自卫队员的尸体,以及一块遗失的极端机密芯片。更糟糕的是,雷达显示附近海域被布下了密密麻麻的磁性水雷,只要战舰移动便会触发连锁爆炸。在这座漂浮在海上的巨大钢铁迷宫中,柯南不仅要面对来自内部可能存在的间谍,还要与在暗处操纵全局、自称“幽灵船长”的对手进行智力对决。灰原哀在调查中发现了被害者留下的暗号,指向了二战时期的一艘沉船宝藏。而毛利小五郎则因为在舰上喝醉被误认为是间谍。柯南必须在战舰被远程引爆前,解码沉船坐标。
军事元素的加入让剧场版的科技感大幅提升。推理部分与海战动作场面结合得很好,尤其是最后利用声呐反制水雷的桥段非常聪明。灰原哀在这一部里戏份很重,角色魅力十足。
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